敲定了七位内阁大学士的人选之后，雷云继而又任命了六部的尚书；其中王图为户部尚书，蔡邕为礼部尚书，贾诩为兵部尚书，田丰、田韶分别兼任刑部、工部尚书；至于吏部尚书暂时空置，由祢衡、徐庶分兼左右侍郎暂理部事。

内阁与六部的框架建立起来以后，他又宣布设立大理寺与御史台；其中大理寺掌管刑狱案件审理，最高长官为大理寺卿，下设少卿二人（掌折狱、祥刑）、正二人（掌议狱、正科条）、丞六人（
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